در ارتباط با وظایف قانونی سازمان تعزیرات حکومتی دیگر ارگانهای دولتی که ذیلا توضیح داده می شود با سازمان همکاری تنگاتنگ دارند .

سازمان حمایت از تولید کننده و مصرف کننده که بعنوان یکی از همکاران سازمان در طرح تعزیرات حکومتی که پرونده های مرتبط با تخلفات اقتصادی در بخش کالا و خدمات توسط همین سازمان تشکیل و پس از انجام امور کارشناسی جهت رسیدگی ، صدور رای و اجراء به سازمان تعزیرات حکومتی ارجاع می نمایند .

وزارت بهداشت و درمان در ارتباط با تشکیل پرونده های بهداشتی و کارشناسی پرونده های ذیربط

دانشگاه علوم پزشکی در ارتباط با تشکیل پرونده های دارو و درمان و کارشناسی پرونده ها

سازمان دامپزشکی در ارتباط باتشکیل پروند های مرتبط با امور دام

نیروی انتظامی در ارتباط با پرونده های قاچاق کالا

گمرکات کشور در ارتباط با پرونده های قاچاق کالا

وزارت اطلاعات در ارتباط با پرونده های قاچاق ارز

سازمان شیلات در ارتباط با پرونده های قاچاق آبزیان

سازمان دخانیات در ارتباط با پرونده های دخانی

زمان میراث فرهنگی در ارتباط با پرونده های قاچاق آثار باستانی

ارتباط با پرونده های پیمانسپاری و عدم ایفای تعهدات